In einem von Kaijū heimgesuchten Japan arbeitet Hibino Kafka in der Monsterbeseitigung. Als er seine Kindheitsfreundin Ashiro Mina wiedertrifft, einen aufstrebenden Star des Japanischen Verteidigungskorps, beschließt er, seinen einst aufgegebenen Traum, dem Korps beizutreten, erneut zu verfolgen … Doch plötzlich verwandelt er sich in den mächtigen „Kaijū Nr. 8“. Mit der Unterstützung seines jüngeren Kollegen Ichikawa Reno versucht Kafka, seine Identität geheim zu halten, während er weiterhin auf sein lebenslanges Ziel hinarbeitet: das Auswahlverfahren des Verteidigungskorps zu bestehen und an Minas Seite zu kämpfen. Doch als ein mysteriöser intelligenter Kaiju einen Stützpunkt des Verteidigungskorps angreift, sieht sich Kafka in einer verzweifelten Situation vor eine entscheidende Wahl gestellt …